Les vaccins spécifiquement conçus pour immuniser contre la variante Omicron seront-ils vraiment plus efficaces que les autres ? Peut-être un peu, mais comme toujours en immunologie, les pronostics sont risqués.
Pour booster notre protection à l’approche de l’automne, le nouveau vaccin “bivalent” de Moderna, distribué au Québec depuis le 9 septembre, apparaît comme une meilleure solution que le vaccin “classique”. Parce qu’il cible à la fois le virus SARS-CoV-2 d’origine et la variante Omicron (dans sa version BA.1).
“Depuis la souche Wuhan, le virus a beaucoup muté. Ce n’est plus la même bête ! se souvient Andres Finzi, professeur d’immunologie à l’Université de Montréal et chercheur au centre de recherche du CHUM. Vous pouvez également devenir immunisé contre la bête récente, pas seulement l’ancienne, en somme !
Mais ce vaccin bivalent sera-t-il vraiment plus efficace ? “On ne sait pas encore, mais c’est pas mal de changer de line-up [de l’injection]d’avoir un répertoire immunitaire plus large », ajoute le spécialiste titulaire de la Chaire de recherche du Canada sur l’entrée rétrovirale.
Il n’y a toujours pas de données sur son efficacité, puisque la nouvelle version du vaccin n’a pas passé toutes les étapes des essais cliniques, puisque seule une petite partie de la séquence d’ARN a été modifiée dans sa composition.
En laboratoire, il semble générer la production de bonnes quantités d’anticorps contre le virus d’origine et contre le variant Omicron BA.1, mais aussi contre les sous-variants BA.4 et BA.5 désormais dominants dans le pays. De plus, Santé Canada a déjà invité Pfizer-BioNTech et Moderna à soumettre leurs données sur leurs vaccins ciblant spécifiquement les variantes Omicron BA.4 et BA.5. Ces vaccins viennent d’être approuvés aux États-Unis.
La mise à jour des vaccins de cette manière ne changera pas nécessairement la trajectoire de la pandémie de COVID-19, car le système immunitaire a déjà été façonné par nos nombreuses rencontres avec des représentants artificiels du virus du SRAS. CoV-2 (à savoir les premiers vaccins mis sur le marché) et de vrais représentants (les différentes variantes que la plupart d’entre nous ont déjà contractées). Cela ne part pas de zéro; et il a déjà perfectionné ses armes, en un sens. Dans des études menées chez le macaque comparant l’efficacité d’un rappel avec un vaccin à ARN conventionnel et celle avec des vaccins à ARN « rajeuni » contenant la séquence Omicron ou le variant bêta, aucune différence significative n’a été observée.
Omicron, champion de la réinfection
Ces derniers mois, Omicron a semé la consternation par sa propension à infecter des personnes pourtant suffisamment vaccinées, et à réinfecter allègrement des personnes ayant récemment eu le COVID-19.
Toutes ces (ré)infections interrogent : les vaccins perdent-ils en efficacité ? Notre système immunitaire est-il épuisé ? Pourquoi et comment Omicron a-t-il échappé à nos défenses bien entraînées après deux ans et demi de pandémie ?
“La réponse est multifactorielle”, explique Andres Finzi. La première raison est simplement que le taux d’anticorps neutralisants, c’est-à-dire capables de bloquer complètement le virus et de prévenir l’infection, diminue très rapidement après l’infection et après la vaccination, pendant plusieurs semaines. Mais nous le savons depuis le début de la pandémie. »
Cela ne signifie pas que l’immunité “s’éteint” pour tout cela. Les anticorps font partie de la réponse immunitaire, mais le corps produit également toutes sortes de cellules de défense, dont des cellules “mémoire” qui restent dans la circulation et sont prêtes à être réactivées en cas d’infection. “On sait que ces cellules sont efficaces au moins 8 mois après la vaccination, assure Andres Finzi. Ainsi on reste protégé contre les formes sévères. En revanche, cela ne suffit pas à bloquer la transmission.
Le péché originel
Rappelons que fin 2021, lors de son apparition, Omicron portait déjà une cinquantaine de mutations par rapport à la souche historique. Ses versions actuelles BA.4 et BA.5, qui sont rapidement devenues mondialement dominantes, continuent d’accumuler des variations mineures.
Cette évolution constante est problématique. Jusqu’à présent, les vaccins à ARN étaient conçus à partir de la souche d’origine : ils contiennent les instructions génétiques du pic viral contre lequel sont dirigés les anticorps les plus efficaces.
Il a été démontré à maintes reprises que ces vaccins “ancêtres” offraient encore une protection contre de nouvelles variantes, dont Omicron, notamment pour prévenir les formes graves de COVID-19. Et l’administration d’un rappel, donc d’une troisième voire d’une quatrième dose, multiplie par 12 à 35 l’efficacité du vaccin, selon les études, notamment parce qu’elle augmente temporairement le taux d’anticorps.
Le problème est qu’à chaque nouvelle dose, le système immunitaire est réexposé à l’ancienne souche. “Chaque fois, nous augmentons la réponse contre la souche d’origine. Mais il n’existe plus ! s’exclame Andres Finzi.
Cette stratégie présente un risque : que le système immunitaire devienne un peu paresseux lorsqu’une infection par une nouvelle variante se produit. Au lieu de produire de nouveaux anticorps adaptés à la nouvelle variante, l’organisme va recruter ses anciens “soldats”, ceux qui sont déjà là et qui sont capables de produire les bons anticorps, moyennement adaptés mais encore peu efficaces. Résultat, avec le temps la défense s’émousse.
Ce phénomène est appelé « empreinte antigénique » ou encore « péché antigénique originel ». Elle peut être liée à la vaccination, mais aussi à une infection naturelle – les personnes qui ont été infectées par le variant Alpha, par exemple, n’ont pas la même « empreinte » immunitaire que celles qui ont contracté le Delta. Cet effet n’est pas nécessairement nocif ; économise des ressources, en quelque sorte.
Mais dans le cas du SARS-CoV-2, plusieurs études ont montré qu’il rendait les défenses moins efficaces et qu’il pouvait en partie expliquer notre vulnérabilité à Omicron.
Par exemple, une vaste étude menée par des professionnels de la santé britanniques publiée dans Science en juin 2022 a montré qu’une infection par Omicron “boostait” la réponse immunitaire contre des variantes plus anciennes, mais beaucoup moins contre Omicron lui-même. De quoi banaliser les réinfections à quelques semaines d’intervalle.
“Les profils d’anticorps de deux individus peuvent être radicalement différents selon la première variante à laquelle ils ont été exposés, soit par vaccination, soit par infection. En raison de cette empreinte initiale, la réponse immunitaire dans une situation de réexposition peut également être différente. Dans le cas du SARS-CoV-2 et de ses nombreuses variantes, il existe un grand nombre de combinaisons possibles, surtout si l’on tient également compte des différents intervalles de temps entre ces expositions”, explique Jakob Kreye du Charity Hospital de Berlin, qui a signé une étude récente sur les empreintes antigéniques.
Cette “mosaïque” d’anticorps rend les recherches sur l’efficacité des vaccins et la virulence de chaque variant extrêmement complexes. Pour ainsi dire, on ne sait plus décrypter ce qui se passe, ni même si des tendances de fond se dégagent. “On ne sait pas encore exactement ce que cela signifie, si l’exposition préalable à une variante particulière est bénéfique ou nocive”, explique Jakob Kreye.
Mais réconfort pour ceux qui ont été malades cet été : les données montrent que l’immunité hybride (c’est-à-dire la protection fournie à la fois par la vaccination et l’infection) est plus forte que l’immunité due à l’infection ou à la vaccination seule. Et cela quelle que soit la commande !
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